Základní informace o projektu

Fórum o projektu

Moderátoři: petnek, nenym, Zelvuska

Zpráva
Autor
Uživatelský avatar
krahulik
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1217
Registrován: úte 09 led, 2007 10:33

Základní informace o projektu

#1 Příspěvek od krahulik » úte 28 srp, 2007 16:10

Uz par dni pocitam novy projekt pod WCG.

Discovering Dengue Drugs - Together


Jak uz bylo psano, funguje uz pouze pod Boinc managerem (DDDT spusten byl 21.8.07)

The mission of Discovering Dengue Drugs – Together is to identify promising drug leads to combat the related dengue, hepatitis C, West Nile, and Yellow fever viruses. The extensive computing power of World Community Grid will be used to complete the structure-based drug discovery calculations required to identify these leads.


Dulezite pro poctare: jednotky jsou o fous mene casove "narocne" nez FA@H, WU se posila 2 poctarum-->kvorum 2 ...a zadne drogy, leky to budou :lol:
Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17634
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

#2 Příspěvek od forest » čtv 30 srp, 2007 09:16

Jedná se o podprojekt mateřského projektu World Community Grid. Pro zapojení do výpočtů, je tedy třeba si jej v nastavení osobního účtu přímo na stránkách projektu povolit: http://www.worldcommunitygrid.org/

Projekt se zabývá výzkumem horečky Dengue, která se posledních několik let nebezpečně šíří a již před několika lety byla označena za epidemii.
Onemocnění, vyvolávaná viry dengue (DEN 1–4), se dnes považují za nejrozšířenější ze všech přírodně ohniskových vektorových virových nákaz ve světě. Epidemie se šíří v oblastech Kambodže, Indonésie, Brazílie, Argentiny, Bolívie, Peru, Mexika, Vietnamu, Thajska, Singapuru, Filipín a dokonce se vyskytlo několik prvních případů v Austrálii..

Nemoc přenáší komár Aedes aegypti (Culicinae). Projevuje se bolestmi hlavy, kloubů a svalstva a vysokými horečkami. Neléčená choroba pokračuje vnitřním krvácením a případně i smrtí.

Projekt bude pomáhat při hledání nových léků proti této nemoci. Zároveň by nové léky mohly pomáhat i při léčbě hepatitidy C, viru Západního Nilu a žluté horečky, které patří do stejné skupiny Flaviviridae.
Riziko nákazy některým z virů skupiny Flaviviridae je v celosvětovém měřítku kvůli migraci obyvatelstva obrovské. Minulý rok se léčilo na horečku Dengue 1,5 milionu lidí. Na nákazu hepatitidou C 2% celé populace Země. Žlutá horečka a nemoc Západního Nilu jsou prozatím lokální, ale jelikož v oblasti nejsou žádné léky které by proti nim mohly být použity, mohou se také stát v budoucnu velice nebezpečné i v jiných oblastech.

Uživatelský avatar
krahulik
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1217
Registrován: úte 09 led, 2007 10:33

Re: Základní informace o projektu

#3 Příspěvek od krahulik » úte 21 dub, 2009 07:52

FYI
Posledni dobou jsem zaznamenal vetsi pocet dopocitanych jednotek oznacenych jako "Inconclusive". Automaticky je replikovana jednotka dalsimu poctari, po jejim dopocitani se vetsinou i nase odevzdana jednotka zmeni na "Valid".
Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
krahulik
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1217
Registrován: úte 09 led, 2007 10:33

Re: Základní informace o projektu

#4 Příspěvek od krahulik » sob 25 dub, 2009 12:29

Zpresneni:
V pripade ze i druha replikace je "Inconclusive", odesila se tretimu poctari. Pote jsem zaznamenal, ze po dopoctu treti replikace, je druha a treti replikace oznacena jako "Valid" a pridelen kredit, prvni replikace (vetsinou ma) je oznacena jako "Invalid", a je take pridelen kredit v pozadovane vysi.
Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
krahulik
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1217
Registrován: úte 09 led, 2007 10:33

Re: Základní informace o projektu

#5 Příspěvek od krahulik » pát 24 črc, 2009 22:44

Projekt je temer za prvnim krokem na ceste k novym lekum. Z velkeho mnozstvi zkoumanych molekul (3 mil.) a interakci (nekolik tis.) je cca 90-95 % tzv. false positive vysledku (falesne pozitivni vysledky) a testovani v laboratori by proto bylo neefektivni.

Proto se 2. faze projektu zameruje na redukci techto vysledku (tj. slepych ulicek), z tisice "hitu" z faze 1, bude kazdy hit dukladne pocitacove testovan. Ocekava se ze druhou fazi vznikne seznam obsahujici cca 80 % skutecnych kladnych vysledku (true positive). Laboratorni testovani hitu z druhe faze bude tedy "lepcejsi" (vykonnejsi, efektivnejsi a hodnotnejsi), nez testy s hity 1. faze.
Pro nazornost, k laboratornimu nalezu 25 malych molekul zamezujici replikaci viru dengue je zapotrebi syntezy a otestovani 200-500 hitu faze 1, resp. pouze cca 30 hitu druhe faze.

Druha faze bude velmi brzy testovana (alfa testy).

pozn. druha faze je prozatim hrube odhadovana na 1/2 az 1/4 faze 1 (CPU years).
Naposledy upravil(a) krahulik dne čtv 27 srp, 2009 08:48, celkem upraveno 1 x.
Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17634
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Základní informace o projektu

#6 Příspěvek od forest » čtv 27 srp, 2009 06:10

Dnes mně přišel mail, že první fáze projektu byla ukončena. Výzkum trval celkem 2 roky a měl pouze jeden delší výpadek práce, když jim univerzitu smetl hurikán Ike. Celkem bylo poskytnuto 12.000 let výpočetního času a zapijilo se do něj zhruba 400.000 počítačů. Jen pro zajímavost, kdyby se projekt zpracovával pouze na počítačích, které měli vědci UTMB při startu projektu k dispozici, trval by 205 let.


Další podrobnosti o ukončení první fáze a o spuštění fáze druhé, naleznete zde:

http://www.worldcommunitygrid.org/forum ... read=26616

Uživatelský avatar
Don
36.8421052632 %
36.8421052632 %
Příspěvky: 521
Registrován: sob 18 črc, 2009 22:30
rok narození: 30 čer 1983
ID CNT statistics: 10842
Bydliště: Brandýs nad Starou Plechovkou
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#7 Příspěvek od Don » čtv 27 srp, 2009 07:04

to uz jsou pekna cisla :)
Obrázek
Obrázek
Obrázek
Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek
IQE - In Memory
Rakosnicek

Uživatelský avatar
mollusca
10.5263157895 %
10.5263157895 %
Příspěvky: 53
Registrován: sob 19 led, 2008 07:11
ID CNT statistics: 3654
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#8 Příspěvek od mollusca » čtv 18 úno, 2010 10:11

Byla spuštěna druhá fáze Discover Dengue Drugs - Together
Mají i nový odznáček, tak vzhůru na lov 50bbb
viz http://www.worldcommunitygrid.org/about ... icleId=121
WCG: ObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázekObrázek

Yoyo: Obrázek Obrázek Obrázek ObrázekObrázekObrázek
Moje statistika

Uživatelský avatar
Wolfi
21.0526315789 %
21.0526315789 %
Příspěvky: 161
Registrován: čtv 02 říj, 2008 21:02
rok narození: 0- 0-1981
ID CNT statistics: 9435
Bydliště: Brno, Vysočina a Brandýs n.L.

Re: Základní informace o projektu

#9 Příspěvek od Wolfi » pon 05 dub, 2010 12:51

mollusca píše:Byla spuštěna druhá fáze Discover Dengue Drugs - Together
Mají i nový odznáček, tak vzhůru na lov 50bbb
viz http://www.worldcommunitygrid.org/about ... icleId=121
Pátral jsem proč se mně nestahuje práce z toho podprojektu a zjistil jsem že holt na starších nevýkoných počítadlech bude problém s nároky na ramku: min 1024MB

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#10 Příspěvek od petnek » pon 05 dub, 2010 14:33

Koukni do tohoto vlákna, tam jsme DDDT2 a dostupnost jeho WU probírali. 45cc
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

Uživatelský avatar
xVlado
5.26315789474 %
5.26315789474 %
Příspěvky: 40
Registrován: čtv 09 črc, 2009 21:23
rok narození: 0- 0-1984

Re: Základní informace o projektu

#11 Příspěvek od xVlado » čtv 08 dub, 2010 08:38

Wolfi píše:
mollusca píše:Byla spuštěna druhá fáze Discover Dengue Drugs - Together
Mají i nový odznáček, tak vzhůru na lov 50bbb
viz http://www.worldcommunitygrid.org/about ... icleId=121
Pátral jsem proč se mně nestahuje práce z toho podprojektu a zjistil jsem že holt na starších nevýkoných počítadlech bude problém s nároky na ramku: min 1024MB
Zdravim. Procházím postupně všechny podprojekty na WCG. Nyní dokončuji předposlední a bude mi chybět už jen DDD- Together. Chtěl bych se tedy zeptat, zda nároky na jednu WU jsou skutečně min. 1024 MB, protože v tom případě bych ho mohl počítat pouze doma po práci, když můj pracovní stroj není žádné výpočetní dělo. :smt022
ObrázekObrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
krahulik
52.6315789474 %
52.6315789474 %
Příspěvky: 1217
Registrován: úte 09 led, 2007 10:33

Re: Základní informace o projektu

#12 Příspěvek od krahulik » čtv 08 dub, 2010 08:58

xVlado píše:Zdravim. Procházím postupně všechny podprojekty na WCG. Nyní dokončuji předposlední a bude mi chybět už jen DDD- Together. Chtěl bych se tedy zeptat, zda nároky na jednu WU jsou skutečně min. 1024 MB, protože v tom případě bych ho mohl počítat pouze doma po práci, když můj pracovní stroj není žádné výpočetní dělo. :smt022
Nikde jsem se nesekal s omezenim pameti 1024 MB na 1 WU. Obecne se udavaji pozadavky na pocitac, u dddt2 je pozadovan 1024 MB RAM a 250 MB volneho mista na disku (viz prehled zde)
Z tabulky projektu WUProp jsem vysledoval ze u DDDT2 je u RAM zaber do 30 MB na WU, u jednotek typu A cca 210 MB na WU (viz zde).
EDIT: Pocitadla s/pod 1024 MB RAM nemam, myslim ze ty zvysene naroky na RAM (obecne) oproti jinym projektum WCG jsou prave kvuli vychozim jednotkam typu A, ktere byly velmi dlouhe a narocne na vypocet. Pro nasledne vytvorene jednotky nejsou, dle mne, jiz takove naroky.
Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
xVlado
5.26315789474 %
5.26315789474 %
Příspěvky: 40
Registrován: čtv 09 črc, 2009 21:23
rok narození: 0- 0-1984

Re: Základní informace o projektu

#13 Příspěvek od xVlado » čtv 08 dub, 2010 22:42

Díky za odpověď. Příští týden to tedy v práci vyzkouším. Počítač tam má celkem 756 MB RAM a jsou na něm Win XP, tak to snad bude stačit. 45cc
ObrázekObrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#14 Příspěvek od petnek » pát 09 dub, 2010 12:18

Ještě bude celkem kumšt dostat WU. Já mám na DDDT2 dva PC a ani jeden ještě jednotku neměl. :smt022
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

Uživatelský avatar
xVlado
5.26315789474 %
5.26315789474 %
Příspěvky: 40
Registrován: čtv 09 črc, 2009 21:23
rok narození: 0- 0-1984

Re: Základní informace o projektu

#15 Příspěvek od xVlado » sob 10 dub, 2010 18:56

Tak hlásím, že mi to teď nějaké jednotky stáhlo, i když jsou docela krátké, jedna trvá cca hodinu. 45kk 33zzz

Akorát mi to v BOINC Manageru krom hlášky, že pro projekt nyní není práce i tuto hlášku:

No work available for the applications you have selected. Please check your settings on the website.

Nevíte někdo, co by to mohlo být? Na stránkách WCG stačí přeci vždy jen zaškrtnout projekty, na kterých se chci podílet ne?

Díky za odpověď.
ObrázekObrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek
Obrázek

Uživatelský avatar
forest
Admin webu a fóra CNT
Admin webu a fóra CNT
Příspěvky: 17634
Registrován: pát 27 říj, 2006 10:19
rok narození: 03 bře 1977
ID CNT statistics: 71
Bydliště: Újezd u Brna

Re: Základní informace o projektu

#16 Příspěvek od forest » sob 10 dub, 2010 22:53

No právě že ti to píše, že pro aplikace (podprojekty) které jsi si zaškrtnul není práce. Máš si to nastavení změnit v nastavení na webu, pokud práci chceš. Tedy zaškrtnout si jiné projekty, které práci mají.

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#17 Příspěvek od petnek » ned 11 dub, 2010 11:51

Také hlásím pár stažených jednotek 45kk , snad se budou stahovat i nadále...

Nemusí se zaškrtávat konkrétní projekt při nedostatku práce jednoho, stačí "If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project." Při nedostatku práce zvoleného projektu se tak automaticky stáhne práce pro jiný nezvolený. Příklad: mám zaškrtnut projekt DDDT2, nemá práci, nevadí, stáhne mi to práci některého jiného.
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

JardaPichSvetla
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 427
Registrován: stř 31 bře, 2010 14:35
rok narození: 20 srp 1984
ID CNT statistics: 13279

Re: Základní informace o projektu

#18 Příspěvek od JardaPichSvetla » ned 11 dub, 2010 14:23

Tak za včerejšek tam je Run Time na projektu asi 2,5 roku a stoupá asi od čtvrtka (kdy to bylo pod 100 dní a mín než končící rejže), ale ostatní aktivní podprojekty maj kolem 60 let, tak je vidět, že ty práce moc neni.
Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek

JardaPichSvetla
31.5789473684 %
31.5789473684 %
Příspěvky: 427
Registrován: stř 31 bře, 2010 14:35
rok narození: 20 srp 1984
ID CNT statistics: 13279

Re: Základní informace o projektu

#19 Příspěvek od JardaPichSvetla » stř 14 dub, 2010 10:36

Tak za včerejšek už jen 1 rok a zas se bude čekat na další várku, rozhodl jsem se se v tomto podprojektu nesnažit o medajli a nechat WU ostatním (stejně by to s výkonem mýho počítače asi nedopadlo), tak hodně štěstí s odchytem. :smt023
Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek Obrázek

Uživatelský avatar
petnek
Moderátor
Moderátor
Příspěvky: 3500
Registrován: pon 28 led, 2008 12:44
rok narození: 16 kvě 1987
ID CNT statistics: 10883
Bydliště: Praha
Kontaktovat uživatele:

Re: Základní informace o projektu

#20 Příspěvek od petnek » stř 14 dub, 2010 11:06

Už by zase mohlo něco přijít. Měl jsem radost jako malé dítě když jsem dostal 5 jednotek, od té doby ale nic 45dd . Můj výkon taky není nijak světoborný, ale uvidím, třeba se poštěstí.
Obrázek
ObrázekObrázekObrázek

Odpovědět

Zpět na „Discovering Dengue Drugs Together - World Community Grid“